DNAシーケンサとは？次世代シーケンサ（NGS）とキャピラリー型（サンガー法）の違いと、出力・リード長・ラン時間・価格の選び方

DNAシーケンサとは

DNAシーケンサは、DNAの塩基（A・T・G・C）の並びを読み取る装置です。研究機関の遺伝子解析、検査センターの受託解析、製薬の研究開発で使います。DNAを増やすPCR装置とは別の装置で、PCRで増やしたDNAをシーケンサで読みます。

比較ページには、メーカーの日本法人が日本語の公式サイトで案内しているDNAシーケンサを、各社の代表の型で並べました。

2つの方式

• 次世代シーケンサ（NGS）は、DNAを短い断片にしてフローセルに並べ、合成しながら蛍光で読みます。イルミナの機種は、SBS（Sequencing by Synthesis）の化学を使います
• キャピラリー型は、細いキャピラリーの中で電気泳動して1本ずつ読むサンガー法の装置です。例はサーモフィッシャーサイエンティフィックのSeqStudioとSeqStudio Flexです
• キャピラリー型は、同じ装置でフラグメント解析もできます

出力と機種の規模

• イルミナのMiSeq i100 Plusは、1ランの出力が1.5〜30Gbのベンチトップ機です
• イルミナのベンチトップ機では、NextSeq 1000・2000の最大出力が540Gbです
• イルミナのNovaSeq X Plusは、デュアルフローセルで1ランに16〜21Tbを読みます。シングルフローセルのNovaSeq Xは8〜10.5Tbです
• 細菌・ウイルスや遺伝子パネルならベンチトップ機、ヒト全ゲノムを数多く回すなら大型機で足ります

リード長とラン時間

• MiSeq i100 Plusの最大リード長は2×500bpで、ランは約4〜24時間です
• NovaSeq X Plusの最大リード長は2×300bpで、ランは約17〜48時間です
• サンガー法のSeqStudioは、最短30分でランが終わります

キャピラリー型の選び方

• SeqStudioのキャピラリーは4本で、キャピラリー・検出器・ポンプが1つのカートリッジにまとまっています
• SeqStudioのカートリッジは、v2で1,000サンプル（250ラン）⁠ま⁠で流せます。装置に入れてから4〜6か月使えます
• SeqStudio Flexのキャピラリーは8本と24本があり、あとから8本から24本へ上げられます
• SeqStudio Flexの大きさは幅70×奥行67.5×高さ86.5cm、重さは115kgです

値段の聞き方

• 公式に値段を出している製品はありません。どの機種もメーカーに見積もりを取ります
• 装置のほか、試薬・フローセル・カートリッジの費用と、保守契約の内容も合わせて聞きます
• サーモフィッシャーサイエンティフィックのSeqStudio Flexには、購入から1年間の保証が付きます